El colegio San Agustín cuenta con una importante infraestructura edilicia, adecuada a los fines educativos que se persiguen.

En Capital Federal la Sede Central cuenta con dos edificios, uno de siete plantas sobre la calle Agüero y otro de cuatro plantas sobre la calle Gutierrez. Ambos edificios se encuentran comunicados entre sí.

En el Partido de Pilar, Pcia. de Buenos Aires, el colegio cuenta con un campo de deportes de 7 hectáreas arboladas, denominado Campo San Agustín.

Las instalaciones de la Sede Central cuentan con 36 aulas amplias, 2 laboratorios de Informática, 1 laboratorio de Ciencias Biológicas, 1 laboratorio de Física, 1 laboratorio de Química, 2 salas de audiovisuales e idiomas, 2 salas de educación física, 2 aulas de educación plástica y 2 de educación musical, una capilla, biblioteca, dos mapotecas, una sala de conferencias, un salón de usos múltiples con capacidad para 450 personas, siete gabinetes, un comedor con capacidad para 350 alumnos, dos patios cubiertos y uno grande descubierto y una terraza-patio para nivel inicial. El edificio cuenta, además, con servicio central de calefacción, sistema de ventilación en las aulas, baños y vestuarios confortables.

Por último, en el Campo San Agustín, la institución posee canchas de fútbol, hockey y rugby, vestuarios, una confitería, 2 salas de reuniones y un amplio sector de parrillas.